Botanik online 1996-2004. Die Seiten werden nicht mehr bearbeitet, sie bleiben als historisches Dokument der botanischen Wissenschaft online erhalten!


 

Die "ribbon"-Darstellung zeigt die Strukturelemente, wie RasMol sie aus dem Datensatz lesen konnte. Helicale Bereiche werden als gewundenes Band dargestellt. Die Farbe hat eine besondere Bedeutung: Hier wird der Temperaturfaktor symbolisiert. Die "Temperatur" eines Atoms ist ein Maß für die Genauigkeit der Bestimmbarkeit seiner Position. Auch in einem Proteinkristall sind die Positionen von einzelnen Atomen nicht absolut fest, sondern in gewissem Maße beweglich. Aminosäuren, die wenig intramolekulare Wechselwirkungen zeigen, können sich im Kristall relativ zu "festen" Aminosäuren verschieden anordnen, wie es ihrer Beweglichkeit in Lösung entspricht. Solche Aminosäuren erscheinen im Röntgengebeugungsbild "unscharf", d.h. mit hohem Temperaturfaktor, oder auch garnicht - dann fehlen die Koordinaten im PDB-Eintrag. Beim TMV sind die Aminosäuren 155-158 so "heiß", daß sie nicht erfaßt werden konnten und deswegen die Koordinaten im Eintrag fehlen. Das wird in dem Bild deutlich: Blau bedeutet "kalte", also stark fixierte Aminosäuren, je beweglicher die Atome weden, desto "roter" wird ihre Darstellung. Die nicht dargestellten Aminosäuren 155-158 sind am "infraroten" Ende des Moleküls.